Parmi tous les fléaux, St-Martin connut aussi les désastreux méfaits des épidémies. En 1901, la variole sévissait au niveau de la province de Québec. Le conseil municipal ordonna alors la vaccination obligatoire pour tous les citoyens. Le responsable était un officier exécutif de l’autorité sanitaire municipale. Toute personne qui ne pouvait lui montrer son certificat de vaccination était passible d’une amende de 5$. Certaines familles atteintes de cette maladie devaient “garder la quarantaine” en plus d’être surveillées par un gardien de famille payé par la municipalité. On décida aussi de refuser à l’école les enfants non vaccinés. Il y eut tellement de familles atteintes que la municipalité décida, en 1903, de ne plus rémunérer les gardiens de familles. Seuls les chefs de familles furent autorisés à désinfecter malades et maisons.
Vers la fin 1910, un début d’épidémie de diphtérie fut signalé à l’école de l’arrondissement #9. Cet embryon de contagion semblait s’étendre. En août 1911, le conseil municipal ordonna la vaccination et la revaccination obligatoire. Cette prévention arrêta net cette maladie contagieuse. Au cours des années 1918 et 1919, une épidémie de grippe espagnole déferlait au niveau de la province. La paroisse de St-Martin ne sembla pas touchée par ce fléau. En mai 1927, une épidémie de fièvre scarlatine se répandit à St-Martin. Le conseil municipal autorisa le docteur Poulin à visiter les individus atteints de cette maladie. Il était aussi autorisé à placarder les maisons des malades jusqu’à la disparition du danger de contagion. De plus, la municipalité s’engagea à fournir la formaline nécessaire à la désinfection des maisons placardées.
Les animaux non plus ne sont pas exempts de ces types d’épidémies. En mars 1959, une épidémie de brucellose bovine menaçait la population de la fièvre ondulante.
La tordeuse des bourgeons d’épinettes envahissait nos forêts en 1975. Elle dura près de trois ans et causa des torts considérables à nos conifères.